Tras el parentesis de 1 798-1800, en que le sustituyeron los ministros Saavedra, Jovellanos y Urquijo, Godoy recobro el poder e inicio una política de autentico vasallaje repecto a Napoleon (guerra contra Portugal, tratado de neutralidad, guerra con Gran Bretana), que condujo a los desastres de Finisterre y Trafalgar a la que puso fín el tratado de Fontaineblau (27 de octubre de 1807).
Estos fracasos militares, la crisis económica y el ascendiente de Godoy sobre los monarcas desencadena una crisis familiar: el primogenito de Carlos IV, Fernando, príncipe de Asturias, conspiró contra el monarca, y se le incoo un proceso (1807). Tras este episodio, Napoleon creyó llegado el momento de imponer sus planes, y sus tropas comenzaron a penetrar en la Península.
El descontento popular condujo al motín de Aranjuez, dirigido por el partido fernandino, que terminó con el poder de Godoy (17 de marzo de 1808) y arrastró en sus consecuencias al propio monarca, que abdicó el 19 de marzo en su hijo Fernando.
Carlos marchó a Bayona, donde por segunda vez abdicó, pero ahora en el propio Napoleón.
A la abdicación de Bayona siguio un exilio de 11 años, y finalmente se instalo en Roma, donde permaneció hasta su muerte el 19 de enero de 1819.