En la guerra que siguió a la muerte de Enrique IV, entre los partidarios de Juana la Beltraneja y los de Isabel, fué decisiva la actuación de ambos cónyuges.
Fernando obtuvo los éxitos militares, de Toro o Peleagonzalo (marzo de 1476) y Albuera (febrero de 1479) sobre Alfonso V de Portugal.

Aunque el portugués buscó la alianza de Luis XI de Francia, al final tuvo que aceptar el tratado de Alcacobas (4 de septiembre de 1479), y cuando aquel mismo año falleció Juan II de Aragón, Fernando, que desde 1474 era rey de Castilla, pasó a serlo también de la corona de Aragón.
De este modo se produjo la unión dinástica de Aragón y Castilla, unión meramente personal sin que entre ambas coronas hubiera ningún organismo político común.
Los monarcas dedicaron los primeros años de su reinado a pacificar a la nobleza y a ultimar la reconquista del territorio hispano.
Tras una serie ininterrumpida de campañas, iniciadas de hecho en 1482, el Rey Católico consiguió conquistar el reino nazarí de Granada, último reducto musulmán de la Península (25 de noviembre de 1491), si bien es el 2 de Enero de 1492 cuando se hace formal la entrega de la capital con el ceremonial de entrega de llaves.
Alcazar de Segovia, bastión de Isabel en su lucha contra Juana la Beltraneja. Aquí se autoproclamo reina de Castilla el 12 de Diciembre de 1474.